कहते हैं कि भगवान शिव के कई पुत्र थे, जैसे गणेश, कार्तिकेय, सुकेश, जलंधर, भौम आदि। उन्हीं में से एक अयप्पा स्वामी भी थे। अयप्पा स्वामी के जन्म की कथा बड़ी ही रोचक है। केरल के सबरीमाला में भगवान अयप्पा स्वामी का प्रसिद्ध मंदिर है जहां लाखों लोग उनके दर्शन करने के लिए आते हैं।

पौराणिक इतिहास स्वामी अयप्पा की कहानी पर प्रकाश डालता है। कहते है देवी दुर्गा द्वारा महिषासुर वध के पश्चात ‘महिषी’ नामक दानवी अपने भाई की मृत्यु का प्रतिशोध लेने के लिए आतुर हो गई। महिषी ने घोर तपस्या करके ब्रह्मा जी से वरदान माँगा कि उसे केवल शिव व विष्णु के संयोग से उत्पन्न हुआ पुत्र ही मार सके। अतः महिषी के अत्याचारों से संसार को मुक्त करने हेतु कुछ काल के लिए मोहिनी स्वरूप विष्णु और शिव जी का संसर्ग हुआ। इसी से जन्मे थे, ‘हरिहर पुत्र’, जिन्हें दक्षिण भारत में ‘अयप्पा स्वामी’ के नाम से जाना जाता है।

भगवान अयप्पा अर्थात अय का अर्थ होता है विष्णु और पा का अर्थ होता है शिव। महिषासुर की बहन महिषी ने ब्रह्मा का तप कर के वरदान लिया था कि उसकी मौत केवल और केवल शिव और नारायण से जन्मे पुत्र से ही हो। तब अपने भाई की मौत (महिषासुर) का बदला लेने के लिए एक घटनाक्रम में उसने माता पार्वती के भंवरी देवी के रूप को कैद कर लिया था तो तब नारायण मोहिनी रूप में और शिव से संतान प्राप्त की जिनका नाम था हरिहर हरी अर्थात विष्णु और हर अर्थात महादेव। उसने महिषी का वध किया और हरिहर को वहां की भाषा में अयप्पा कह के पुकारते है।